Thực tế hiện nay, phần lớn các chủ doanh nghiệp, ban lãnh đạo các doanh nghiệp vừa và nhỏ thường điều hành, quản lý doanh nghiệp mình dựa trên sự tin tưởng vào một vài nhân viên nào đó và đánh giá nhân viên hoàn toàn theo cảm tính của mình. Vẫn còn nhiều doanh nghiệp có phương pháp quản lý lỏng lẻo, chồng chéo, sếp thì than quá nhiều việc còn nhân viên chỉ biết «sai đâu đánh đấy», hoặc quản lý theo kiểu gia đình, hoặc một số công ty có quy mô lớn hơn bắt đầu có sự phân quyền nhưng cuối cùng tất cả mọi việc lớn nhỏ vẫn phải do người đứng đầu giải quyết. Khi đó, chúng ta thường hay đề cập đến việc xây dựng hệ thống kiểm soát nội bộ cho doanh nghiệp mình. Tuy nhiên, hệ thống kiểm soát nội bộ không chỉ là những quy định, quy trình, chính sách hay bị hiểu là công việc vạch lá tìm sâu mà nó còn là vấn đề thay đổi thói quen làm việc, thay đổi tư duy, nhận thức của toàn bộ con người trong tổ chức, đặc biệt là suy nghĩ, nhận thức của người chủ. Vì vậy, khi định hướng xây dựng hay tái cấu trúc lại hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp mình, doanh nghiệp cần phải xác định rõ mục tiêu, thời gian, kinh phí, những thử thách có thể gặp phải và xác định đúng ngay những việc ngay từ đầu khi bắt tay vào thực hiện. Bên cạnh đó, ngay từ đầu, doanh nghiệp phải hiểu và tuân thủ một số nguyên tắc trong việc thiết kế, xây dựng, tái cấu trúc hệ thống để có một hệ thống kiểm soát bội bộ hiệu quả và hữu hiệu như sau : 1. Phân chia trách nhiệm theo nguyên tắc bất kiêm nhiệm đối với các công việc, hoạt động, vị trí tiềm ẩn rủi ro cao, dễ thất thoát tài sản; 2. Phân quyền và ủy quyền cụ thể và thích hợp; 3. Các quy trình, chính sách, nguyên tắc về hoạt động và kiểm soát phải được cụ thể hóa bằng văn bản và công khai đến tất cả các cấp phù hợp, có liên quan; 4. Thiết lập hệ thống chứng từ và sổ sách hoàn chỉnh để ghi nhận đầy đủ mọi nghiệp vụ phát sinh, phù hợp với yêu cầu kiểm soát của doanh nghiệp; 5. Luôn đảm bảo tính chất kiểm tra độc lập (“nguyên tắc bốn mắt”) đối với từng hoạt động, công việc vụ thể (có thể theo cách kiểm tra nghiệp vụ hoặc kiểm tra kết quả); 6. Thực hiện nguyên tắc kiểm kê: đối chiếu sổ sách & thực tế nhằm đề cao trách nhiệm của các vị trí liên quan đến việc quản lý tài sản, phát hiện mọi hư hỏng mất mát, báo cáo kịp thời hiện trạng sử dụng tài sản; 7. Hạn chế tiếp cận tài sản vật chất và thông tin đối với nhân viên không có liên quan; 8. Định kỳ/đột xuất tiến hành kiểm tra ngẫu nhiên, phân tích rà soát tình hình thực hiện các quy trình, quy định, không nhất thiết phải cho toàn bộ hệ thống; 9. Xây dựng hệ thống tiêu chí khen thưởng, kỷ luật rõ ràng, đủ mạnh, công bằng và khách quan; 10. Xây dựng và duy trì môi trường văn hóa doanh nghiệp, đề cao sự chính trực, trung thực và các giá trị đạo đức. Mỗi doanh nghiệp sẽ có những nét đặc thù, bản sắc văn hóa riêng nên sẽ không thể nào sao chép hay bê nguyên xi vào áp dụng toàn bộ hệ thống của một một doanh nghiệp khác cho doanh nghiệp mình. Ngoài ra, yếu tố con người là vấn đề rất quan trọng, là yếu tố then chốt để quyết định hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp mình có được đưa vào vận hành trôi chảy, hiệu quả hay không.
